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除了一般的微生物学研究方法以外，在微生物遗传研究中最突出的方法是突变型的筛选和选择性培养方法的应用。突变型一方面可作为染色体的标记，另一方面可用来剖析各种生命活动的遗传控制。为了后一目的，必须获得特定类型的突变型。在高等动植物中，虽然也有一些筛选特定类型的突变型的例子，但是多数突变型是由于偶然出现而长期积累起来的。微生物遗传学研究则不同，一般工作常从筛选特定的突变型开始，例如筛选不能合成某一种氨基酸的突变型（营养缺陷型）、对于某一种药物或噬菌体具有抗性的突变型、在较高温度中不能进行DNA 复制的突变型、转化过程中发生遗传性障碍的突变型、某一特定的酶发生缺陷的突变型以及导致某一种蛋白质的某一功能区发生变化的突变型等。微生物遗传学的迅速发展和便于取得所需要的突变型有着密切的关系。
特定类型的突变型的筛选之所以能够成功，主要是应用选择性培养基的结果。例如把大量对某种药物敏感的细菌接种在含有该种药物的培养基上，在这上面能形成菌落的细菌便是发生了抗药性突变的细菌。这一原理也应用于突变的研究、细菌接合的研究、转导的研究、基因精细结构分析的研究(见基因定位)和基因调控的研究等。选择性培养方法的应用大大提高了工作效率，在基因重组的分析中一般需要测定杂交子代中亲本组合和重组类型的比率；两个基因的距离愈近，则发现重组类型所须分析的子代个体愈多。同一基因内部的两个突变位点的距离必然更近，因此在高等动植物中较难发现它们之间的重组。在微生物中应用选择性培养方法，可以检出距离十分接近的两个突变位点之间的重组，因为特定的选择条件能淘汰绝大多数非重组个体，而只使为数有限的重组体存活。例如大肠杆菌T4噬菌体的快速溶菌突变型rⅡ能感染寄主细菌大肠杆菌B而形成噬菌斑，但在大肠杆菌K上则不能形成噬菌斑。用大肠杆菌K作为选择性培养条件,便能检出两个十分接近的rⅡ突变位点之间发生重组而出现的野生型噬菌体。由于选择性培养方法的应用，才有可能在较短时间测定大量的这类突变型，非但提高了工作效率，还从根本上改变了对基因的认识。
微生物学发展史中重要的人物和事件有哪些
培养基的种类有：
1、按照培养基的成分来分，可分为合成培养基、天然培养基和半合成培养基三类；
2、按照培养基的物理状态分，可分为固体培养基、液体培养基和半固体培养基三类；
3、按照微生物的种类分，可分为细菌培养基、放线菌培养基、酵母菌培养基和霉菌培养基等四类；
4、按照培养基用途分，可分为加富培养基、选择性培养基和鉴别培养基。
人物：
1、琴纳
1796年，英国人琴纳发明了牛痘苗，为免疫学的发展奠定了基石。
2、列文虎克
17世纪，荷兰人列文虎克用自制的简单显微镜（可放大160～260倍）观察牙垢、雨水、井水和植物浸液后，发现其中有许多运动着的“微小动物”，并用文字和图画科学地记载了人类最早看见的“微小动物”——细菌的不同形态（球状、杆状和螺旋状等）。
3、C．G．埃伦贝格
1838年，德国动物学家C．G．埃伦贝格在《纤毛虫是真正的有机体》一书中，把纤毛虫纲分为22科，其中包括3个细菌的科（他将细菌看作动物），并且创用bacteria（细菌）一词。
4、F．J．科思
1854年，德国植物学家F．J．科思发现杆状细菌的芽孢，他将细菌归属于植物界，确定了此后百年间细菌的分类地位。
事件：
1、1915～1917年，F．W．特沃特和F．H．de埃雷尔观察细菌菌落上出现噬菌斑以及培养液中的溶菌现象，发现了细菌病毒——噬菌体。
病毒的发现使人们对生物的概念从细胞形态扩大到了非细胞形态。
2、俄国出生的法国微生物学家C．H．维诺格拉茨基于1887年发现硫磺细菌，1890年发现硝化细菌，他论证了土壤中硫化作用和硝化作用的微生物学过程以及这些细菌的化能营养特性。
他最先发现嫌气性的自生固氮细菌，并运用无机培养基、选择性培养基以及富集培养等原理和方法，研究土壤细菌各个生理类群的生命活动，揭示土壤微生物参与土壤物质转化的各种作用，为土壤微生物学的发展奠定了基石。
3、法国科学家L．巴斯德对微生物生理学的研究为现代微生物学奠定了基础。
巴斯德涉足微生物是为了治疗“酒病”和“蚕病”。
他论证酒和醋的酿造以及一些物质的腐败都是由一定种类的微生物引起的发酵过程，并不是发酵或腐败产生微生物，著名的曲颈瓶实验无可辩驳的证实了这一点。
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